El Área de Protección de Flora y Fauna, en el Norte de la Isla Cozumel, cuenta con una gran diversidad de ecosistemas terrestres y marinos.

El Área de Protección de Flora y Fauna la porción norte y la franja costera oriental, terrestres y marinas de la Isla de Cozumel (APFF), se estableció mediante Decreto Federal publicado en el Diario Oficial de la Federación, el día 25 de septiembre de 2012. Está ubicada en la isla del municipio de Cozumel, estado de Quintana Roo, con una superficie total de 37,829-17-00.54 hectáreas. Destaca dentro del Área de Protección de Flora y Fauna, la diversidad de ecosistemas terrestres y marinos que ahí se desarrollan, y la diversidad de especies que la habitan.

Uno de los objetivos específicos del APFF, es favorecer la permanencia y conservación de la diversidad biológica del Área de Protección de Flora y Fauna, la porción norte y la franja costera oriental, terrestres y marinas de la Isla de Cozumel, a través del establecimiento y promoción de un conjunto de políticas y medidas para mejorar el ambiente y controlar el deterioro de los ecosistemas.

Así como recuperar y restablecer las condiciones ecológicas previas, a modificaciones causadas por las actividades humanas o fenómenos naturales, permitiendo la continuidad de los procesos naturales en los ecosistemas del Área de Protección de Flora y Fauna la porción norte y la franja costera oriental, terrestres y marinas de la Isla de Cozumel.

En el APFF la porción norte, se encuentran representados: arrecifes de coral, pastos marinos, manglares, vegetación halófita de dunas costeras, tasistales-saibales y en menor proporción selva media perennifolia y subperennifolia, así como el sistema de humedales y lagunas costeras más grandes de la isla. Esto convierte al APFF, en un hábitat importante, de cuya existencia depende el desarrollo de la gran variedad de especies de vida silvestre, tanto terrestres como de las acuáticas.

El Área de Protección de Flora y Fauna la porción norte y la franja costera oriental, terrestres y marinas de la Isla de Cozumel, se destaca por la riqueza total de especies registradas en ella; que reconoce la existencia de más de 700 especies que se distribuyen en grupos de flora y fauna terrestres y marinas.

Resalta la presencia de 31 especies y subespecies endémicas a la isla, como en los casos de: la lagartija escamosa, el cuicacoche, el mapache y el tejón, todos cozumeleños, así como 12 de distribución restringida dentro del estado de Quintana Roo, la Península de Yucatán o el Caribe Mesoamericano, tal es el caso del maullador negro, pájaro gato negro o dzibabán (Melanoptila glabrirostris), chipe amarillo (Setophaga petechia rufivertex), lagartija escamosa de Cozumel (Sceloporus cozumelae), entre otros.

En la región conocida como Punta Norte, se distribuye un manchón continuo de tasiste o pantano de palmas, un ecosistema muy raro, y poco representado en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas. Por sus muy particulares condiciones, el mar que rodea la isla, es uno de los puntos más concurridos por el turismo aficionado a la observación del ambiente submarino, desde hace más de 40 años.

Esta isla en Cozumel, posee además unas formaciones únicas denominadas microatolones, los cuales son arrecifes enteramente formados por algas coralináceas, y constituyen un fenómeno único en el Mar Caribe Occidental, que para su preservación, requieren estrictas medidas de manejo.

El reconocimiento de la relevancia ambiental, ecológica, cultural y socioeconómica contenida en la porción norte y la franja costera oriental, terrestres y marinas de la Isla de Cozumel, originó que fuera decretada como Área de Protección de Flora y Fauna de competencia federal, con la finalidad de proteger y preservar la riqueza natural que contiene.

En el ámbito social, la conservación del APFF Isla de Cozumel, significa que las cooperativas pesqueras, los pescadores  independientes, artesanos, cooperativas turísticas, prestadores de servicios turísticos recreativos y pobladores en general de la Zona de Influencia, conserven sus medios de subsistencia, recreación y calidad de vida.

Las lagunas costeras, son captadoras del vital líquido que nutre los mantos freáticos que utiliza la población.

Además, son aprovechadas para el turismo, ya que constituyen un punto estratégico para diversas actividades recreativas, y una alternativa para abastecer de agua a los lugares que se desarrollan como destinos turísticos de alojamiento o de alimentación.

En la actualidad, las principales actividades turísticas que se desarrollan son: esnorquel, buceo, recorridos en embarcaciones no motorizadas, veleros, kayak, canoas; en tierra, senderismo interpretativo, fotografía de la naturaleza, recorridos turísticos en vehículos terrestres y la observación de aves.